Коленный сустав функционирует как петля (движение по большей части в одной плоскости - фронтальной, есть немного вращения при пронации-супинации, но не суть). Само по себе оно не должно ломаться. Вопрос почти всегда в том, что колено находится между голеностопом и бедром - суставами с большим числом степеней свободы. Если возникает какое-то аномальное движение в стопе или бедре, тогда ломается колено (потому что там возникает напряжение сдвига, а не из-за ударной нагрузки, как принято считать). Когда боль становится постоянной, ЦНС подавляет мышцы, проходящие через сустав, чтобы защитить его. При сохранении нагрузки получается еще больше проблем.

Здравствуйте, Игорь. В вашем случае, на мой взгляд, нужно максимально стимулировать восстановительные способности собственного организма. А именно выделение гормона роста. Который, в свою очередь  занимается «ремонтом» связок, сухожилий и возможно хрящевой ткани.
  Выделение гормона повышено при физической работе, во время глубокого сна, при гипогликемии, при богатом белками питании. ИНВИНТРО.
Из собственного опыта. 47 лет пробежал 4 марафона. Заметил, что после соревнований на марафонской дистанции в восстановительный период, при снижение объемов более чем в два раза, получаю серьезные травмы. Два раза был надрыв ахилла. Плюс боль в тазобедренном суставе, которая при увеличение количества длительных  тренировок  30+ проходит, а в восстановительный период опять возвращается. Проанализировав тренировки в восстановительный период, я заметил, что  провожу их в вечернее время, и после тренировок принимаю пищу, практически перед сном. Что в свою очередь ведет к значительному снижению синтеза гормона роста в ночное время.  В предсоревновательный период я провожу тренировку утром, 10-30 км в зависимости от плана натощак, Кроме того не ем после семи. Хороший сон (потому живот пустой)+физическая нагрузка+ гипогликемия. Получаю максимальный выброс гормона роста для моего возраста. Кроме того в этом году хочу заменить восстановительные пробежки, ездой на велосипеде или приседаниями(15 сек-15 приседаний+45 сек бег на месте) в течение 45-60 минут. Суставы надо беречь. И конечно растяжка, которая тоже через болевой эффект ведет к синтезу гормона роста. Только растяжка не динамическая, а статическая.
Итак:
1.    Хороший сон
2.    Физическая нагрузка
3.    Богатое белками питание
4.    Гипогликемия (очень осторожно)

Мое сообщение прошу рассматривать только как информацию. Гипогликемия опасная вещь. Я как-то буквально вползал домой. Если решите воспользоваться моей информацией начинайте очень аккуратно. Начните с того, что бы не есть на ночь. А утром попробуйте поприседать, начав с плавных 10 приседаний в правильной (обязательно) техникой за одну минуту Х 30 мин.
Удачи Вам.
P.S. Главное здоровье, а не 3.30, 3.45 и прочая чушь. Если боль усилится… бегом к врачу

Вы попробуйте начать приседать.Неторопясь садиться до параллельности бедер опоре,затем так же не торопясь вставать.Приседать надо много.Но добавлять постепенно.Заниматься нужно и растяжкой.Возможно проблема с коленом в недостаточной гибкости.Постепенно и без фанатизма,но это стоит делать.

Про колено http://adidas.lifehacker.ru/2013/09/18/uprazhneniya-dlya-rastyazhki-i-ukrepleniya-kolenej/