Вопрос задан некорректно,для начала-сколько Вы пробегаете в неделю и сколько раз в неделю.Человеческий организм способен перенести просто офигенные нагрузки,только начинать во всем надо с маленького шага.По коллагенам  советую http://squeezy.ru/catalog/drinks/energy-forti-drink/ и http://squeezy.ru/catalog/bars/recovery-bar/ .Сам пользуюсь , мне подходит, особенно, после 15-20 км

Холодец, без желатина, настоящий!)

@Gennady  Karasev, допускается, но есть его надо горячим... И не уверен, что Вам после пробежки захочется пить эту противную жижу.)).(Из собственного опыта)

А по-моему, органы движения лечатся только движением. Будете больше двигаться, ничего болеть не будет. Именно при движении вырабатывается межсуставная жидкость, которая предотвращает трение в суставе, а значит и боль. без движения эта жидкость просто отвердевает. Если Вы зададите вопрос в интернете "лечение артрозов" или других болезней суставов, то можете увидеть, что в первую очередь, с помощью лекарств и физиотерапии снимается воспаление. Как только боль проходит, назначается лечебная физкультура. Без физкультуры - ждите нового воспаления, новой боли.
Из личного опыта:
Мне 58 лет. Бегаю пятый год (с августа 2010). Раньше боли в суставах мучали очень часто и без видимых причин. Даже со стула встать было тяжело. Приходилось вставать медленно и потихоньку расхаживаться. Сейчас я уже забыл, что это и такое. Бегаю 6 раз в неделю по 15 км (в субботу от 15 до 25 км) и ничего не болит. А желатин, различные мази и другие препараты - для самоуспокоения, ведь эффект плацебо никто не отменял.

Проблемы с коленями с осени, подозрение на артроз. Сегодня был у специалиста-ревматолога. Он считает, что различные хондропротекторы почти не помогают, а вот коллаген стоит принимать. Для лечения назначил (как и предыдущий врач) внутрисуставные уколы, для восстановления хряща. Бегать разрешил, главное не доводить до наступления болей.