@Andrey  Katkov,  если только с тренером по ОФП-тренингу - только расскажите ему о своей проблеме - прыгать и выполнять резкие движения Вам крайне нежелательно!

Большое спасибо всем за советы. Попробую пока активно заниматься ОФП и укреплять связки. Очень надеюсь, что поможет.
Индивидуальные стельки и наколенники использую. От стелек стали уставать стопы, это нормально?

Отдельный вопрос еще Владимиру Метелкину: есть ли сейчас смысл заниматься с тренером? или стоит попытаться сначала разобраться со своим коленом?

@Dmitry  Andreyev, всё правильно, даже банальное несимметричное развитие мелких мышц голени и бедра может приводит к такому симптому "колена бегуна". Я бы посоветовал укрепить связки колена, поделать растяжку, массаж этой ноги, ОФП с приседаниями и выпада

Фотографий во время бега у вас нет?

"Разбалансировка" работы колена можете быть вызвана отклонениями от оптимальной анатомии, например торсионными изменениями и проч. Однако чаще она приходит из-за слабых-тугих мышц. Колено находится между бедренным суставом и стопой, оба они имеют кучу степеней свободы, колено двигается преимущественно в сагитальной плоскости (вперед назад). Когда вышеупомянутые суставы теряют полностью или частично свою нормальную механику, страдает в первую очередь колено. Имеем аномальную нагрузку, кручение, напряжение сдвига и тп, что приводит к истощению картиляжа, разрыву менисков и проблемам со связками. Например гиперпронация может отодвигать момент начала супинации в фазе опоры, и в тот момент когда ваше бедро начинает закручиваться наружу за счёт пролетающей вперед второй ноги, ваша берцовая кость надежно закручена внутрь за счёт вышеупянутой пронации, вашему колену приходится очень туго (делали когда-нибудь крапивку в детском саду?). Этот пример не обязательно относится к вам, можеть куча других вариантов. Поиграйте с обувью, посмотрите на свои стопы, оцените внешнее и внутреннее вращение бедра, посмотрите на различия между конечностями - пронация, мозоли, пальцы, длина, кривизна и т.п.

Причина у боли должна быть однозначно. Идите к другим врачам.Пока болит лучше не бегать.Плаванье,вел,ходьба.Видов активности много помимо  бега.

@Владимир  Елизаров, в этом, к сожалению, и самая большая проблема - не понятно, что лечить. Всю зиму не бегал, вроде, прошло. Начал бегать - боль вернулась.

Значит не стоит бегать до излечения.Заменить ходьбой,велосипедом.

Быстрее 6 мин на км сейчас вообще не могу разогнаться, начинается боль через полминуты.

Хороший темп это сколько?