Почему-то вопрос обрезался, вот продолжение:
Это может быть как-то связано с диспропорциями тела? Что делать в этом случае? Носить специальные стельки?

К доктору надо.

В вашем случае, наверное лучше изготавливать стельки на заказ у специалиста. Но для начала попробуйте пробежаться без стельки в правой кроссовке, чтобы оценить целесообразность поисков в этом «перекошенном» направлении. Учтите, что без стельки в правой кроссовке вы слегка потеряете в амортизации для правой ноги, так как большинство стелек в беговой обуви выполняют и такую функцию. Стельки на заказ недешевы, наверняка можно обойтись и серийными образцами типа тех, что выпускает Spenco. Кроме традиционных стелек на всю длину вы можете поэкспериментировать с т. н. подушечками под пятку (heel pad) или подушечками под носок (ball of foot pad) (гелевыми, силиконовыми и т. п.): как отдельно под пятку или носок, так и совместно. И те, и другие также выпускаются серийно. Помочь справиться с болью в колене может грамотно подобранный наколенник (тот же эффект даст умелое тейпирование, но кинесиотейпирование дороже, требует навыков и имеет нюансы — придется брить волосы, наносить тейпы желательно за час или более до тренировки, чтобы клей успел схватиться и они не отклеивались; нельзя экономить на якорной части наносимого тейпа, так как чем длиннее якорь (любой из краев тейпа, наносимых без натяжения), тем надежнее фиксация тейпа к телу и т. д.). При несоблюдении инструкций тейпы на колене будут отклеиваться. И тейпы, и наколенник помогут вам избавиться от боли, купировать травмы, позволив вашему колену  оставаться полнофункциональным во время повышенных нагрузок, но (!) причину возникновения боли они не устранят. Последнее надо понимать. Как ни странно, но дополнительную помощь в стабилизации коленного сустава может оказать ношение компрессионных гольфов. Важен в вашем случае и выбор обуви (никаких Asics'ов!). Но в первую очередь я бы вам посоветовал исключить вероятность появления боли по причине синдрома большеберцового тракта (iliotibial band syndrome или IT band syndrome). Если боль мучает вас с латеральной (наружной) стороны колена, то, вероятнее всего, вы столкнулись с этим частым для бегунов на длинные дистанции явлением. Купировать синдром просто: уменьшите на время объемы и ежедневно (даже в те дни, в которые не бегаете и не тренируетесь вообще) выполняйте упражнения на растяжку подвздошнобольшеберцового тракта именно для колена (есть еще и для бедра — они также вам не повредят). Какое-то одно упражнение порекомендовать я вам не могу: подберите сами то, которое удобнее выполнять именно вам и от которого вы сами чувствуете больший эффект (вы должны ощущать натяжение тканей с латеральной стороны колена именно в том месте, где локализована боль: тренеру или врачу сложно прочувствовать это за вас).

а) У 70% людей наблюдается разница в длине ног, при этом в беге дает о себе знать разница в 3 мм. Обычно (но не всегда) стопа более короткой ноги будет в относительной супинации, более длинной - в пронации. Большая пронация может влиять на колено. Можно использовать выравнивающую стельку под более короткую ногу (поднять ее), желательно чтобы стелька была во всю длину стопы, а не только под пятку. Попробуйте вставить обычную плоскую стельку в левый кроссовок и посмотрите, станет ли лучше. После этого можно будет идти к врачу/специальный магазин и заказать специальный девайс.
б) Возможно имеем структурные особенности стопы - тут надо сперва пояснить - когда вы пишете "загибаю правую стопу в право" вы имеете в виду, что вы отводите ее вправо (пальцы в сторону), или подворачиваете/отворачиваете пятку (плоскость стопы под углом к дороге)? Это две разные двигательные стратегии
в) Ряд других вариантов недоступны для понимания без анализа вашей механики.

Обратитесь к мануальному терапевту, они исправляют этот недостаток в достаточно быстрые сроки