Борис, основная причина - избыточная нагрузка на plantar fascia, это такая широкая связка которая идет от пятки к передней части стопы. Во время бега возникают силы, направленные на ее растяжение, но она не тянется по своей природе, и организм начинает выращивать то, что называется пяточной шпорой в точке крепления связки к пяточной кости. При этом болит не шпора, а сама растянутая связка. Нагрузка в свою очередь может вызываться рядом причин, в том числе резкая пронация из-за неразвитости подошвенных мышц (quadratus plantae, flexor hallucis brevis, flexor digitorum brevis и тп) или ограниченная подвижность голеностопа (не можете достичь угла 80-70 градусов при беге). В первом случае катайте мячик для гольфа, делайте foot doming и т.п, во втором тренируйте мышцы переднего отдела голени.

у меня было подобное в прошлом году после резкого увеличения нагрузки. Помогли упражнения:
http://www.dokaball.com/zdorovie/vosstanovlenie/posle-travm/350-plantarnyj-fastsiit-pyatochnaya-shpora

Не отчаивайтесь. Лечите шпору. И подбирайте обувь правильную. Еще можно специальные ортопедические стельки для спортсменов подобрать. Это все для того, чтобы правильно распределить нагрузку по стопе и не вызвать рецидив.