Дистанция 3 км несколько отличается от 5 км. Если для "пятерки" на втором месте после целевых МПК-тренировок стоит тренировки уровня ПАНО, то для трех км - работы по развитию гликолитической емкости.

Поскольку между зачетами у Вас есть три месяца - 12-13 недель, то от этого и стоит отталкиваться, выстраивая циклы подготовки.
Работу над тем или иным качеством стоит акцентировать две-три недели. Т.е. микроцикл - одна неделя, мезоцикл - 2-3. Между мезоциклами надо вставлять время на переходный микроцикл - до 1 недели.

Итого получается, что акценты в последовательности мезоциклах можно расставить как: восстановительный (либо базовый), силовой, скоростной (работа над абсолютной скоростью), темповый, подводящий к старту. Длительность мезоциклов разная.
Наполнение отличается, однако длительных в явном виде нет только в силовом и подводящем, силовых тренировок нет в темповом и подводящем, темповых и интервалов нет в базовом и силовом.
На первых трехмесячных этапах не жадничайте - более двух работ не делайте - уже только от одного структурирования тренировочного процесса может быть достаточно для обеспечения прогресса.