Если боли приходят после бега по неровным поверхностям - лед, истоптанный снег, грязь, то закачивай ягодицы, бедра и core. Слабые или неравномерно развитые мышцы дают повышенную нагрузку на суставы.

Доброго времени суток!
Хотелось бы также узнать как давно Вы начали бегать и с какого времени Вас начали беспокоить колени? Когда вы находитесь в спокойном состоянии и не бегаете, Вас беспокоит дискомфорт?
Вообще, травмы коленей - одни из самых распространенных травм у легкоатлетов. Уделяйте больше внимание разминке коленных суставов, перед тренировкой можно использовать разогревающие мази (напр, никофлекс, капсикам, финалгон). Если предпочтете мазь финалгон, будьте аккуратны! Это сильная мазь.

вообще, решение проблемы типа "что-то где-то болит" следует искать в трех направлениях:
- неверно подобранная обувь (по амортизации и типу пронации);
- плохая техника бега;
- перебор с нагрузкой - хроническое невосстановление опорно-двигательного аппарата (ОДА).

по каждому направлению свои рекомендации для устранения)).

по первому - нужен твой рассказ о том, в чем бегаещь с указанием твоего роста-веса и уровня нагрузок;
по второму - без видеоролика не разберешься;
по третьему - опять-таки нужно заглянуть в твой дневник тренировок за последние две-три недели.

если переформулируешь и дополнишь(!) свой вопрос - попробуем помочь;)

самое интересное, что скорее всего, проблема не в коленях!
Просто колени - это твое "тонкое место".
Вероятность установить причину заочно общаясь по инету весьма невелика...
снимай про себя ролик - это вероятно, поможет.

Попробуй лучше утеплять колени или использовать согревающие мази.