Вы все правильно делаете. Обычно,для восстановления после интенсивных тренировок, на следующий день делают легкую восстановительную пробежку от 20мин до часа,в зависимости от тренированности на невысоком пульсе. Также показан массаж,сауна,прогулки. Полный покой показан только для восстановления после спортивных травм ОДА, и то на непродолжительное время. По питанию: я не стал бы рекомендовать большое количества белка 3г/кг, достаточно 1-2г/кг в сутки. Кроме того, хороший эффект для восстановления после длительной нагрузки дают ВСАА сразу после тренировки.

Вы уверены, что это именно растяжения? Реальное растяжение бывает трех степеней и обычно сопровождается растяжением связок (почитайте об этом). Восстановление требует полного покоя на первой стадии. Но судя по вашему описанию, это обычная боль после интенсивных нагрузок. Лучше небольшая активность, чтобы волокна срастались и росли в нужных направлениях, чтобы обеспечить приток веществ к этим местам и т.п., об этом тоже много написано.
Есть больше белка не надо, зачем вам лишняя масса? Беговые тренировки вообще направлены не на рост мышц, а на их реструктуризацию.