У меня так же, как у вас было.

Видео не смотрел, был на самой лекции. Владимир рассказал, что это не суставы, а сухожилия.
Мышцы в тонусе постоянно натягивают сухожилие и оно начинает тереть об сустав, болит не сустав, а сухожилие. Надо делать растяжки после бега, мне помогло. Обратите внимание, что тянуть надо не только ноги, но и всё остальное, потому что часто боль возникает из-за проблем не в месте боли, а выше или ниже -- мышцы ступней или спины, например.

Суставы болеть не должны вообще, боль это воспаление. Просто деградация и последующее восстановление болью не отзываются.

"Больно наступать", "не спала от боли" - все это абсолютно ненормально, так быть не должно. Суставы, связки и мышцы, конечно, должны "привыкать" к новой нагрузке, но не таким варварским способом. С большой вероятностью это может привести к серьезным травмам.
Надо разбираться, что именно и отчего конкретно у вас болит, пока проблема не усугубилась. Возможно, вам поможет эта лекция: http://channel.iloverunning.ru/demchenko