Андрей , добрый день, наколенник при занятиях спортом лучше не применять, так как Ваши мышцы привыкают к  другой работе, в связи стем, что наколенник снимает нагрузку с одних мышц и нагружет другие, вы тем самым меняете технику бега, что вы и подтверждаете своими наблюдениями по перенапряжению мышц,  вообщем лучше наколенник снять и с меньшей нагрузкой бегать , постепенно увеличивая нагрузку.  также советую делать упражнения ОФП направленные на укрепление коленей

@Сергей Одарченко, спасибо Вам большое за совет!

И что если наколенник заменить на тейпы, чтобы работали мышцы и чуть разгружались связки?

@Andrey Katkov, Тейпы лучше наколенника тем, что не оказывают вообще никакого действия ни на мышцы, ни на связки. Поэтому не будет дисбаланса и перегрузки здоровых связок и мышц. Но еще лучше было бы просто снизить нагрузку, как вам уже

@Сергей Зухер, спасибо за Ваш ответ. К сожалению, врачи (я обошел уже 7-ых разных) разделяются в своих мнениях. И мне очень сложно оценить ситуацию: полное или неполное у меня выздоровление. При обычной активной и долгой ходьбе, плавании,

Лучше всего, конечно, спортивного ортопеда найти.  Попробуйте обратиться в http://mnpcsm.ru/