У меня периодически возникает такая же  проблема. Что я делаю; Делаю шаги короче и толчок должен быть с носка,это позволяет уменьшить плоскостопие,при беге тоже самое. Спортивный врач когда посмотрел мои коленки  сказал ,что нет смазки в коленных суставах.Делайти каждые 6мес. уколы  Алфлутоп(20 ампул),через месяц боли проходят. Но не всем это помогает,видимо разная степень износа .От себя добавлю ,я каждый день делаю прогревание  и массаж ног на массаж. кровати от Нуга Бест. Хрящь восстанавливается тогда ,когда восстановлен кроваток.

Препараты с глюкозамином и хондроитином не имеют доказанной эффективности, не тратьте деньги понапрасну, это просто развод. Современной науке пока еще неизвестны вещества, которые могли бы при оральном приеме защищать, а тем более восстанавливать хрящевую ткань, причем избирательно (например, в коленях). Если беспокоят колени, надо разбираться, что именно не в порядке. Лучше всего обратиться к врачу.
Если же, как вы пишете, проблемы не очень серьезные, стоит для начала обратить внимание на обувь, технику и нагрузки/отдых.