У меня бывают очень похожие симптомы. Один врач из клиники спортивной медицины называл это "пателлофеморальный синдром". В Вашем случае, скорее всего, поможет избегание чрезмерных нагрузок на колени (бег в гору или с наклоном на беговой дорожке, прыжковые упражнения, приседания со штангой), укрепление мышц бедра; и, может быть, как и многие другие временные травмы, через месяца два пройдет.
Также хорошо помогают тейпирование перед тренировками (https://www.youtube.com/watch?v=AAqU0mu3-ic), восстановление, здоровый сон, регулярность занятий.

Здравствуйте, Анна!<br>
К сожалению, Вы не указали ни свой вес, ни модель кроссовок.<br>
Но, мне остается лишь присоединиться к мнению Сергея Зухера: у Вас, предположительно симптомы перетренированности - Ваш ОДА не успевает восстанавливаться, о чем и сигнализирует болями в колене. Дело ли в лишнем весе, чрезмерных объемах или беге с выхлестом голени (плохой технике) - сказать сложно.<br>
Попробуйте неделю отдохнуть, занявшись восстановлением. А затем снизьте нагрузку на треть и посмотрите как Вы будете успевать восстанавливаться.<br>
Да, более амортизирующие кроссовки скорее всего уберут боль, но не причину - слабый квадрицепс и сгибатель бедра - мышцы, находящиеся на его передней поверхности.

К доктору!

Что касается ваших болевых ощущений, то очень похоже на то, что вы не успеваете восстанавливаться. 5 беговых тренировок в неделю - многовато для вашего уровня. Попробуйте бегать через день (т.е. 3-4 дня в неделю). Дня без бега (и без другой ударной нагрузки) обычно хватает для восстановления. Если не поможет, лучше к врачу.

Бег с носка подходит далеко не всем (зависит от анатомии) и в любом случае требует достаточно сильных мышц и связок, особенно ахилла. Так что не стоит рассматривать такой бег как однозначно безопасный. Безопасным может быть любой бег, но при условии, что он технически правильный. Также надо учитывать, что точка постановки стопы (на пятку, среднюю часть и т.д.) зависит еще и от скорости, так что она будет немного разной на разном темпе даже у одного бегуна. Вообще же правильная техника не ограничивается местом опоры, она включает и высоту проноса ноги, и работу бедра, и положение туловища, рук и головы и много чего еще. Поэтому к постановке техники надо подходить комплексно, не зацикливаясь на дилемме пятка-носок. Лучше всего, конечно, обратиться к тренеру. Если не получается - смотреть правильные видео.
И еще одна вещь: "Хондроитин и сабельник" - обыкновенная разводка. Препарат содержит хондроитин и глюкозамин - якобы средства для восстановления хрящевых поверхностей суставов. Однако ни одно научное исследование до сих пор не смогло выявить статистически значимой эффективности этих веществ. Более того, на сегодня доказательной медицине не известно вообще ни одного вещества, обладающего свойством восстанавливать хрящевую ткань (причем избирательно: ведь если бы эти средства действительно могли наращивать хрящ, то хрящевая ткань у нас бы разрасталась по всему телу: в суставах ног, рук, в носу, в ушах...).
Так что не стоит тратить деньги на подобные фуфломицины.
Помимо хряще-восстановительной "Хондроитину и сабельнику" приписывается противовоспалительное и болеутоляющее действие, однако по факту оно не содержит соответствующих компонентов. Впрочем, это даже хорошо, что препарат не обладает болеутоляющим действием, потому что применять такие средства перед тренировкой нельзя ни в коем случае. Боль - сигнал организма о неполадках, о том, что какое-то место надо поберечь от нагрузки. Если тренироваться под обезболиванием, можно легко это место перегрузить и существенно усугубить проблему. Обезболивание перед соревнованием могут применять профессиональные спортсмены, но, во-первых, они четко понимают, на что идут и чем рискуют, а во-вторых. они это делают все-таки под врачебным контролем.
И еще хотел бы обратить ваше внимание, что "заминаться растяжкой" нельзя. Это совсем разные вещи и нужны они для разного. Заминка нужна для плавного "торможения" эндокринной системы и для очищения организма от метаболитов - продуктов распада, образовавшихся в мышцах при интенсивной нагрузке. Для этого бегут минут 10-15 на невысоком пульсе. Растяжка же делается после заминки - для расслабления мышц, улучшения циркуляции крови в мышцах. Причем не стоит делать растяжку сразу после интенсивной тренировки, когда мышцы подзабиты, а связки и так перегружены. Другое дело, что после низкоинтенсивной тренировки особого смысла в заминке нет.  Но в целом смешивать заминку и растяжку не стоит.

Анна, добрый день , техника бега это очень важно. ставить как вы говорите на носок это не совсем верно. если у вас техника не верная то организм не перестроится и вы загоните его в травмы и потом только лечение будет, а не бег. поэтому надо смотреть на вашу технику бега и над ней работать, необходимо делать специальные беговые упражнения для правильной техники бега. Лучше делать это  с тренером это и быстрее и без травм и он вас будет видеть со стороны о подсказывать что не верно и не так. Посмотрите сайт Leto.run там много хорошей и полезной информации.