Смотря после чего восстановление. Бег  эффективней удаляет метаболиты из "беговых" мышц, поскольку для этого нужна работа самих мышц. Задача решается бегом при максимальном ударном объеме сердца и минимальном пульсе, т.е. около 120 уд./мин.
Если же цель - расслабиться и отдохнуть от ударных нагрузок, плавание - отличная вещь. Но плавать при этом надо не интенсивно, легко, и тут уж все зависит от  уровня пловца. При низком уровне легкое плавание на пульсе 120 может и не получиться, вместо восстановления организма получится очередная работа. Хотя суставы и связки отдохнут и удастся хорошо "продышаться". На следующий день после плавания пульс при беге обычно пониже.
Мне кажется, что плавание хорошо ставить в дни отдыха от бега, а восстановительный бег все же нужен после тяжелой беговой работы.