Подорожник помогает:) При покупке кроссовок делайте выбор, исходя из пронации и удобства на ноге. Попробуйте побегать в марафонках, типа Adidas Takumi Ren или Ultra Glide, их вес всего 180 гр и очень мягкий верх, в них вам будет удобно бегать длинные дистанции

Да, про носки! Это важный момент. Я когда бегал до 10 км, то бегал в каких попало носках, и не было проблем. Но на бОльших дистанциях оказалось, что в каких попало носках начинаются вот эти самые проблемы.
Есть специальные носки для бега, они продаются в спортивных магазинах. Они бывают даже специально на левую и правую ногу и с какими-то там еще бывают утолщениями в разных местах...
Я имел дело, например, с носками для бега Asics и Nike.
Сейчас, правда, мне уже кажется, что все эти фирменные штучки, может, и не важны, но, безусловно, в каких попало носках длинные дистанции бегать нельзя. По моему любительскому опыту, главное (и может быть даже единственное) требование к носкам - чтобы они натягивались плотно, ни в коем случае не сбивались, не были большего размера, чем нога (в отличие от кроссовок :-))

Помимо того, о чем написал Алексей, проблема может быть в технике бега: шаркающая, в результате чего нога внутри кроссовка скользит, хотя Вы этого можете явно не ощущать, но 2 часов таких очень легких трений вполне достаточно. А возможно, если мизинец, очень сильно заваливаете стопу на внешнюю сторону для текущей обуви и по сути контактируете с землей в области мизинца не через подошву, а ткань кроссовка, которая не рассчитана на такую эксплуатацию. Этот вариант более возможен, если подошва очень тонкая в передней части. Есть люди и с такой техникой.
Сырая обувь, носки также союзник мозолей.

Для начала задам такой глупый вопрос: а вы кроссовки-то покупаете на размер больше вашего или именно на ваш размер, как обычную обувь? Потому что для бега на длинные дистанции кроссовки должны быть на размер больше, а то и на полтора. От большого пальца до носка кроссовки должен где-то сантиметр пустой быть.
Может, дело просто в этом?
Ну а еще по ширине они разные бывают. Если мизинец натирается, значит, может быть, надо выбирать широкие модели.