Предлагаю попробовать снизить объемы то тех, когда начинаются боли и бегать пока так, а потом, допустим раз в 1-2 недели, добавлять понемногу, тк скорее всего ОДА еще не адаптировался

В каком месте колена? Одно, оба?

поддержу Кирилла - очень мало информации о Вас!

Мало информации. Вес? Какая обувь, как покупали (подбор в спец.магазине или на рынке, просто магазине?)По какой поверхности бегаете? А так, на вскидку: слабые мышцы (колено - тренировки специальные), техника (постановка стопы, пронация), сколько бегаете в неделю? Возможно мало отдыха и вы просто не даёте своему организму восстановиться.  Имхо.

У меня по началу болели. Брал новые кроссовки, поменял технику бега. Помогло. Может и то, и другое, может что-то одно, а может третье (например, в принципе сам факт начала занятий бегом - уже новая нагрузка для организма, и ног прежде всего).