Конечно, лучше бегать на свежем воздухе. Главная проблема при подготовка в зале на беговой дорожке именно не всегда хорошо проветренное помещение.
Весной 2014 года, например, лыжный сезон закончился очень рано. После дождей в феврале на тротуарах стояла каша из воды со снегом. и бегать на улице было совсем не вариант. Подготовился к пробегу Гатчина-Пушкин в апреле на 10 км на беговой дорожке по книге Д.Дениэлса "От 800м до марафона" по плану подготовки к кроссу на результат 37:26.

Лично мое мнение - на беговой дорожке не все мышцы работают, ощущаю постоянный дискомфорт в спине из-за зажатости мышц.

Длинные всё равно придётся делать на улице - как не крути. Ещё для разнообразия можно походить на корты. Если в межсезонье очень ломает бегать на улице по снегу, то можно совмещать.  Дорожка не заменит бега. А по теме не понятно - выбежать из 40ка со скольки? с 45, 50 или с 1 часа?

Для полноценных беговых тренировок на неплохой результат беговые дорожки не подходят. Дорожки предназначены для восстановления, разогрева мышц, фитнесса и прочего баловства. Для хороших результатов надо тренироваться на улице или в манеже.