Ничего нет удивительного в боли в коленях или других частях ног после попытки пробежать полумарафон при, по сути, одной тренировке в неделю (10 км). Т.к. ежедневная пробежка по 5 км (если это не беговая работа - темповая, интервальная, повторная)  - тренировкой к полумарафону не является.
Причина в том, что суставы, связки, мышцы не готовы к предлагаемой им нагрузке, т.к. не получают достаточной для адаптации тренировочной нагрузки.
Что делать - сейчас 2 дня отдыхать, потом попробовать выйти на восстановительную пробежку в очень медленном темпе. Если боль не вернется - в дальнейшем больше тренироваться. А если все еще больно - сделать перерыв неделю - если не поможет - к врачу.

В каком месте коленей боль? С боков - мениски.

Посижу послушаю. Такая же история.
Бегаю год.
Последние 2 месяца каждое утро по будням  - 4-5 км, в выходной длительная - 10-15 км, один день отдыхаю.
Обе коленки тоже болят. Успокаиваю себя, что если болит в обеих и одинаково, то это не травма.
Сделаю паузу 3 дня, посмотрю что будет. Может на велосипеде покатаюсь без фанатизма.
На работе сегодня лифтом не пользуюсь, расхаживаюсь.
Удачного восстановления и новых достижений!

Боль, которая Вас беспокоит, это результат прошедшего соревновательного забега, это нормально. Теперь надо грамотно восстановиться. Один, два дня можно не бегать, а быстро ходить по 5-7км,обязательно делать растяжки, повысить количество углеводов в питании, витамины. Так же можно принимать BCAA. Все рекомендации есть на беговых сайтах. Восстановление после полумарафона длится 2-3нед.в зависимости от уровня Вашей подготовки.

"Что делать с болью?"
Ничего. Через 2-3 дня пройдет. Если не пройдет, тогда обращаться к врачу.
"В чем причина?"
10 км - слишком короткая длительная тренировка при подготовке к 21.1. Длительная тренировка на полумарафон должна доходить до 16-18 км. Многие тренировочные планы на полумарафон (в отличие от марафонских планов) вообще предусматривают пробегание  21-25 км на отдельных длительных тренировках до соревнования.