У меня через неделю после марафона сбитый ноготь слез и больше ничего не мешало ). А до того просто не делала прыжковые упражнения, при которых может ноготь соприкасаться с носком кроссовка. При беге, если обувь подобрана правильно и палец не упирается, по идее проблем быть не должно.
А так и себе на заметку взяла и другим теперь всегда напоминаю - стригите ногти перед марафоном )

Я бегал, отдохнув неделю и  поменяв обувь. Все индивидуально. Можно заменить смежными циклическими нагрузками , такими как плаванье или вело.