Судя по вашему прогрессу на данной дистанции за год, при условии, что вы систематически тренируетесь , дело действительно в нехватке гликогена. ИМХО  Это следствие отсутствия качественных интервальных тренировок.

Если я правильно понимаю физиологию процесса, к 6 км (через 15 минут после старта) Вы просто "сожгли" запас глюкозы в печени, она начала спазмировать и Вы почувствовали боль. Подробнее, наверное, тренеры смогут рассказать, да и в учебниках написано явно лучше, чем я смогу объяснить.

Несмотря на то, что я свои "скорости" уже выучил, такое иногда тоже случается и даже бывает после 10-15 км (особенно, когда в горку инстинктивно пытаешься взобраться с той же скоростью, что и у подножия). Мне помогает сбавить темп и выровнять дыхание - это самый действенный способ.

Я сам почти не пью во время бега, но если печень болит настолько сильно, что продолжать невозможно, то может помочь сладкая газировка (привет, "вредная" кока-кола!), которая даст нужную количество энергии.

Некоторые бегуны разминают двумя пальцами место под рёбрами справа, чтобы снять спазм, но я так не делаю - мне не помогает.

Вероятно, это причина быстрого старта без качественного "разогрева". Неготовый организм резко перешел на высокий пульс и скоростную работу, процессы обмена веществ резко ускорились, в итоге печень и воспротивилась. А так как когда-никогда, а водочкой в свое время Вы ее насиловали (как, впрочем, и все нормальные люди!), что на состояние печени позитивно не всегда влияло - вот и результат.
Самым простым решением является разминка перед стартом. Для забега на средние и длинные дистанции практикуется за 50-60 минут до старта пробежать около 3 км на пульсе 110-120, без фанатизма сделать маховые движения руками и ногами, попрыгать. Растяжка современными специалистами рекомендуется только после финиша, дабы избежать микротравм.
Возможно, с учетом "ночного" времени Вы просто пренебрегли нормальной разминкой!