@Михаил  Наумов, я почти от всех найковских консультантов слышал про то, что цифры 3.0, 4.0, 5.0 обозначают рекомендуемое кол-во километров. Также про это читал и на некоторых зарубежных сайтах. От себя ничего не придумывал )
В любом случае, суть от этог

@Алексей  Макаренко, вы потянули ахилл. Скорее всего, потому что на медленном темпе оставили ту же самую длину шага при снижении частоты шагов, а это в свою очередь увеличило время растяжения ахилла, большой объём сыграл свою роль. Что касается похудения,

У линейки nike free run, цифра обозначает степень амортизации подошвы, где 5.0 - максимальная для этой линейки,  а 3.0 - минимальная. И напрямую с километражом эти цифры никак не связаны. А боли скорее всего от быстро возросших объемов и, возможно, неправильной техники

@Александр  Шатов, @Кирилл  Лукин, Спасибо. Буду восстанавливаться и снижать нагрузки.

Ахиллово сухожилие могло заболеть все по тем же причинам. Восстановительные пробежки и длительную нужно бегать на более низких пульсах. Поэтому в любом случае придется учиться бегать на низком пульсе (по себе знаю, что это довольно сложно) и не обращать внимание на темп. Ну а вес скорее всего будет снижаться по мере роста беговых объемов.

@Алексей  Макаренко, судя по вашим тренировкам, вы бегаете 3-4 раза в неделю. Ваши длинные, которые появились первый раз за неделю до ММ, 10 на ММ и 12 после - чрезвычайно завышены для вашего недельного объема. Вам сейчас напишут, что длинная должна быть

@Кирилл  Лукин, болят не мышцы, а Ахиллово сухожилие (я таки нагуглил по картинкам, что именно болит). Мышцы в полном порядке. Про кроссовки спасибо, мне они все равно не понравились, боковой поддержки никакой. А если снижать пульс ниже 160, то это у меня

Если в целом смотреть, то, мне кажется, Вы достаточно резко перескочили с коротких пробежек сразу на соревновательную 10-ку. Для того, чтобы снизить риск получения травм, тренировочные объемы даже для 10 км должны быть гораздо выше тех, что Вы написали.
Тут может быть множество факторов из-за которых имеется дискомфорт в районе икроножных мышц: 1) адаптация и/или усталость мышц на фоне увеличения нагрузки 2) снижение темпа повлияло на смену техники и нагрузку на другие мышцы 3) неправильный выбор кроссовок 4) что-то еще...
Про кроссовки. У модели Nike Free не просто так приписана цифра "5.0". В этих кроссовках не рекомендуется бегать дистанции свыше 5 км даже продвинутым бегунам. А новичкам, тем более.
Пульс 160 - это соревновательный пульс на дистанциях полумарафон и выше. Бегать на нем на каждой тренировке я бы не стал.
Ну и вес надо снижать, чтобы на ОДА нагрузка была пониже.