В принципе сложно добавить что-то к поступившим комментариям.
Говорить о подготовке к полумарафону можно лишь с объема 40 км в неделю.Предложил бы поменять дистанцию на десятку.
Предположу, что возникшие боли могли возникнуть как из-за неподходящей Вам обуви, либо технических ошибок, а возможно и слабости мышц и связок. Вполне вероятно сочетание этих причин.

Из двух пар моделей, я бы выбрал Cumulus. Однако, если Вы ошиблись с пронацией и у Вас гиперпронация хотя бы на одной из ступней, то эта модель не подойдет.

В сложившейся ситуации разумно было бы не обострять травму, взять паузу в тренировках на три-четыре дня, найти упражнения для укрепления коленей - самые простые - это приседания и перекаты. Делайте их как перед так и после пробежки (не до отказа!). Во время отдыха старайтесь не охлаждать коленный сустав!

Разумеется, что в случае обострения болей, придется обратиться к спортивному врачу!