@Andrey  Spiridonov, Привет! Беспокоит похожая ситуация (болит правое колено справа, резко после пробежки - потом еще примерно полдня на спуске по лестнице).
Была у хирурга, мне посоветовали следующее (может тоже пригодится):
1. Делать полуприседания

Привет, была такая жа проблема, мой совет : почитай о технике естесственного бега, она именно для этого и создана - чтобы не болели колени. С созданием обуви и комфортной подошвы люди стали наступать на пятки - что дает неприятный импульс и боль в колено при такой технике бега. Для этой техники тебе не нужно ничего качать, если только икры :) могу скинуть пару тройку фоток как правильно бужать. Согласен с коллегами это очень серьезно. Может болеть что угодно но не колени!  

Спасибо за советы! Про приседания сам подумывал, теперь точно буду делать. И велотренажер постараюсь обязательно использовать!

А для закачки коленей я использую велотренажер. Но только крутить нужно в обратную сторону! Можно хоть каждый день, минут по 20-40 разным темпом и с разной нагрузкой. Уже через 2-3 минуты почувствуешь как начинают "гореть" мышцы коленного сустава.
Для этих целей ничего эффективнее пока не встречал.

Добавлю свои 5 копеек.Колени более чем серьёзно.Совет:поменять кроссовки и попробовать закачать боль с помощью приседаний.Без отягощений,в спокойном темпе,бёдра параллельно полу,до 300 раз в день.

Кстати, да! мне врач советовал по вечерам на 2-3 часа делать компресс на медицинской желчи. Оцени, где локализована боль и посмотри на картинки здесь, что это может быть. http://www.sportmedicine.ru/knee_norm.php

похоже на связки. мне помогли компрессы и сброс нагрузок временно.