Причина может быть и в том, что правая нога чуть длиннее левой.
У меня из-за старой травмы подобная проблема. Симптомы те же.
Особенно если бегать на беговой дорожке. Проблема была решена путем укрепления мышц в тренажерном зале, приобретением хороших кроссовок, амортизирующих нагрузку на проблемную ногу, в кроссовки также вкладываю специальные ортопедические стельки, компенсирующие разную длину ног.

Не давать большие нагрузки, в случае в болью в колене, это означает не бегать совсем... У меня левое колено заболело одни раз на 16-ом километре, пришлось домой на метро ехать.
Две недели ходил пешком - порпобовал пробежаться, заболело через 6 км. Походил еще две недели пешком и колено прошло.

Если бы продолжал бегать через боль, могло бы так быстро и не пройти...

Сустав травмируется где-то "в быту". Сидите, закинув ногу на ногу, лежите, скрестив ноги в хитроумный узел. Лестница - катализатор, предложивший обратитЪ внимание на Ваш досуг.
Самый баналЪный и напрашивающийся ответ обратите внимание на постановку ноги. Возможно не хватает мягкости, упругости, т. е. идет нагрузка массы тела на прямопоставленный сустав. Меняйте технику. Мягче. КошачЪей походкой

Если логически подумать, чтобы знать серьезная ли проблема, нужно поставить точный диагноз. Чтоб поставить точный диагноз необходимо МРТ и грамотный травматолог, желательно спортивный. В любом случае рекомендовал бы укрепление всех мышц бедра ( не только передние и задние но и боковые поверхности) и обязательно статические упражнения. Если есть повреждения в колене, рекомендую без осевые упражнения. Ну и за техникой бега понаблюдайте.
Удачи!

@Владимир  Елизаров, спасибо за ответ.
Вот и мне так сказали. Не давать большие нагрузки, хорошо разминаться и приседать почаще.

У Вас скорее всего повреждена связка надколенника.Хорошего в этом ничего нет.Причина - чрезмерная   нагрузка.Нужен отдых и восстановление.